O monitoramento limnológico consiste no acompanhamento das condições físico-químicas e ambientais da água, antes, durante e depois da obra de Irapé. Esse estudo permite estabelecer parâmetros de controle que balizam ações voltadas para manutenção da qualidade das águas no reservatório e no leito do rio, a montante (antes) e jusante (depois) da barragem, bem como identificar interferências danosas ao ambiente aquático.
Essa atividade foi e é desenvolvida sistematicamente em Irapé. Os levantamentos realizados após o enchimento do reservatório demonstraram que a qualidade da água retornou aos níveis históricos, conforme apontam dados da Cemig e das entidades oficiais do Estado responsáveis por esse monitoramento. É importante ressaltar que o Jequitinhonha é um rio de classe II, o que significa que suas águas não são próprias para o consumo humano sem o devido tratamento.
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