O rio Jequitinhonha voltou a seu curso normal em julho de 2006, quando a usina entrou em operação.

O rio Jequitinhonha foi temporariamente desviado, numa extensão de 1,2 km para construção da barragem da usina de Irapé. Em abril de 2003, o governador de Minas Gerais, Aécio Neves, e o presidente da Cemig, Djalma de Morais, estiveram no canteiro de obras para a cerimônia. O Jequitinhonha voltou a seu curso normal, antes mesmo da usina entrar em operação, o que aconteceu em julho de 2006.

Durante o processo de esvaziamento do leito do rio, no eixo da barragem, foi realizado o resgate dos peixes, que foram levados para trechos acima ou abaixo da área de construção da usina. Sem mortandade de peixes, a operação foi realizada com sucesso, no final de abril de 2003.